Особенно остро эта проблема стоит на сетевых файл-серверах.
Наиболее гибким решением будет конечно написание скрипта, по результатам работы которого можно составлять графики и делать сравнения по динамике роста.
Однако это процесс трудоемкий, требующий много времени и знаний ОС.
Когда необходимо быстро выяснить какая папка (и ее подпапки) заняла большое пространство диска можно применить графический инструмент WinDirStat.
Очень удобный графический инструмент, позволяющий легко найти "проблемные" папки и файлы.
